反渗透系统发生结垢污染后，通常表现为产水量下降、脱盐率下降、运行压力升高、段压差升高。结垢通常*先发生在末段的末支膜元件，然后逐渐向前面扩散。含钙、重碳酸根或硫酸根的原水可能会在数小时之内即因结垢堵塞膜系统，含钡和氟的结垢一般形成较缓，这是因为它们常见的原水浓度通常较低。

通过拆卸末段末支膜元件，通常可以在膜元件端面、膜壳端板等处观察到垢类物质，对膜元件进行控水后称重，膜元件的重量会比新膜明显增加（新膜元件重量一般在13.5KG左右）。

解剖末段末支膜元件，分析膜面上的结垢物，在显微镜下还可以观察到沉积物的晶体结构，通过化学分析或 X射线分析可以辨别结垢类型及结垢物质。

根据不同的水源类型采取针对性的有效防控措施是十分必要的，常见的防控措施包括预处理加酸调节pH、投加阻垢剂、预处理去除或减少难溶性盐类（如树脂软化除硬、化学软化除硬、除硅、除铁锰等）。