在反渗透操作过程中，由于膜的选择透过性，使得某些溶质在膜面附近发生积聚，从而发生膜污堵现象。常见的污堵征兆有以下几种：一种是生物污堵(症状逐渐出现)有机沉积物主要是活的或死的微生物、碳氢化合物衍生物、天然有机聚合体以及所有含碳物质。*初表现为脱盐率上升、压降升高和产水降低。再有就是胶体污堵(症状逐渐出现)膜分离过程中，金属离子的浓缩及溶液PH值的变化，都有可能是金属氢氧化物(主要以Fe(OH)3为代表)沉积，造成污堵。*初表现为脱盐率的轻微降低，并逐步增大，*后压降升高和产水降低。还有是颗粒物污堵反渗透系统在运行过程中，如果保安过滤器出现问题，会导致颗粒物进入系统，造成膜的颗粒物污堵。 

　　*初表现为浓水流速增加，脱盐率在初期变化不大，产水量逐渐降低，系统压降升高很快。*后常见的还有化学结垢(症状很快出现)当给水含有较高的Ca2+、Mg2+、HCO3-、CO32-、SO42-等离子时，会产生CaCO3、CaSO4、MgCO3等垢沉积在膜表面上。其表现为脱盐率下降，特别在*后一段十分明显，以及产水量下降。膜污染是导致膜渗透流量下降的主要原因。包括膜的孔道和大分子溶质堵塞引起膜过滤阻力增加；溶质在孔内壁吸附；膜面形成凝胶层增加传质阻力。组分在膜孔中沉积，将造成膜孔减小甚至堵塞，实际上减小了膜的有效面积。组分在膜表面沉积形成的污染层所产生的额外阻力可能远大于膜本身的阻力，而使渗透流量与膜本身的渗透性无关。这种影响是不可逆的，污染程度同膜材料、保留液中溶剂以及大分子溶质的浓度、性质、溶液的pH值、离子强度、电荷组成、温度和操作压力等有关，污染严重时能使膜通量下降80%以上。

在系统运行中，膜的污染是一个十分棘手的问题，它的出现造成了反渗透装置去除率和透水量、膜通量的大幅度下降，同时增加了各段的操作压力，促使运行和操作成本升高，严重影响着膜的使用寿命及反渗透技术的开发与利用。